SEPERTI sudah diketahui bersama, salah satu tujuan diadakannya P3B adalah untuk menghindari terjadinya pajak berganda. Dengan demikian, agar tidak terjadi pajak berganda atas penghasilan yang sama yang diterima atau diperoleh oleh subjek yang sama (juridical double taxation), suatu P3B mengatur hak pemajakan suatu negara untuk mengenakan pajak atas suatu penghasilan tertentu.
Terdapat tahap-tahap (step-by-step) yang harus dilakukan untuk dapat menerapkan suatu P3B. Tahapan dalam prosedur penerapan P3B pada dasarnya adalah sebagai berikut:
Di Indonesia, ketentuan P3B merupakan suatu perangkat hukum yang berlaku khusus (lex-specialis). Artinya, kedudukan P3B berada di atas ketentuan pajak domestik. Hal ini sebagaimana diamanatkan dalam Penjelasan Pasal 32A Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1983 tentang Pajak Penghasilan sebagaimana telah beberapa kali diubah terakhir dengan Undang-Undang Nomor 36 tahun 2008.
Ketentuan mengenai prosedur administratif untuk dapat menerapkan P3B diatur melalui Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-61/PJ/2009 tentang Tata Cara Penerapan P3B sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-24/PJ/2010.
Dalam implementasinya, penerapan persyaratan prosedur administrasi berdasarkan ketentuan ini cukup banyak menimbulkan sengketa. Terutama dalam hal pemenuhan Surat Keterangan Domisili (SKD) sebagaimana dapat dilihat dari putusan-putusan Pengadilan Pajak di Indonesia.